在正常运行条件下，即使进水水质符合要求，反渗透膜仍有可能被无机物垢、胶体、微小物、金属氧化物等污染，这些物质沉积在膜表面上，会导致反渗透设备出力下降或脱盐率下降，因此，需要进行定期的化学清洗。
出现下列现象之一者，就需要对膜进行清洗：
(1)正常的出水量下降lo％；
(2)产品水含盐量明显增大；
(3)反渗透装置每段压差比运行初期增加15％或35KPa
(4)已证实有污染或纳垢发生；
一般情况下，反渗透装置运行周期为3—6个月，如果发生每个月需清洗一次，则要检查预处理工艺是否合适。
反渗透膜上的污垢通常为金属氢氧化物、caCo3、caSO4、有机物、微生物等，具体的清洗配方可向膜的生产供应商索取。