反渗透设备的操作与维护是成功的系统性能的关键。为了尽早地发现潜隐的问题，须收集 反渗透设备系统性能数据并定期分析。若发生了问题，应该采用合宜的寻找故障的技术，并与膜制造商和／或系统设计者磋商合宜的消除问题的措施。对不能控制的结垢、污染或堵塞，则须经常清洗膜以保持膜的性能。在膜装置中，这些物质不可逆的积累导致流体分布不均和产生浓差极化，这将造成膜通量与盐截留率的逐渐衰减，有时会使膜材料(例如纤维素膜)发生降解。这些导致了昂贵的膜单元的消耗。
    己开发出用于恢复因结垢或污染造成的不良的膜性能的几种技术，若能及早地识别出膜需清洗，则这些技术是非常有效的。清洗剂可用以从膜装置中将微粒、胶体、生物和有机物移出。通常的做法是把清洗溶液按正向流动，低压下通过膜装置进行循环，直至污染物移出，很少对膜进行反洗。
    碳酸盐垢可用稀盐酸或拧橡酸溶液打循环洗除。硫酸盐垢较难除去，常推荐用柠檬酸或如EDTA钠盐的整合剂来去除硫酸盐垢。金属氧化物采用柠檬酸铵、硫酸氢钠、六偏磷酸钠，或柠檬酸与蛰合剂的混合物加以清除。
    生长的生物常牢固地附着在膜表面上，需在除去前加以杀灭。因为现代的高性能膜对氧化剂敏感，所以在杀灭生物时，务需小心不损伤膜。应避免使用氯及其它强氧化剂。用亚硫酸氢钠或过乙酸处理，随后用清洗剂清洗是一种有效的除去上述物质的方法。在操作期间用生物抑制剂(如亚硫酸氢钠或过乙酸)进行周期性冲洗处理，能使生物污染减至最小。